Samanber lög um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur geta eitt eða fleiri sveitarfélög á því landshorni sem náttúrustofa starfar gerst aðilar að henni. Þau sveitarfélög sem gerast aðilar að stofunni eiga hana og reka með stuðningi ríkissjóðs. Stjórn náttúrustofu er skipuð þremur fulltrúum sem tilnefndir eru af þeim sveitarfélögum sem gerast aðilar að henni. Skipunartími stjórnar er á milli sveitarstjórnakosninga.
Í stjórn Náttúrustofu Suðvesturlands sitja þrír fulltrúar tilnefndir af rekstraraðilum stofunnar.
Aðalfulltrúar Hólmfríður Skarphéðinsdóttir, Suðurnesjabær - stjórnarformaður Björk Guðjónsdóttir, Samband sveitarfélaga á Suðurnesjum Pálmi Steinar Guðmundsson, Suðurnesjabær
Varafulltrúar Oddný Kristrún Ásgeirsdóttir, Suðurnesjabær Berglind Kristinsdóttir, Samband sveitarfélaga á Suðurnesjum Magnús S. Magnússson, Suðurnesjabær