Samanber lög um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur geta eitt eða fleiri sveitarfélög á því landshorni sem náttúrustofa starfar gerst aðilar að henni. Þau sveitarfélög sem gerast aðilar að stofunni eiga hana og reka með stuðningi ríkissjóðs. Stjórn náttúrustofu er skipuð þremur fulltrúum sem tilnefndir eru af þeim sveitarfélögum sem gerast aðilar að henni. Skipunartími stjórnar er á milli sveitarstjórnakosninga.
Í stjórn Náttúrustofu Suðvesturlands sitja þrír fulltrúar tilnefndir af rekstraraðilum stofunnar.
Aðalfulltrúar Jón Ragnar Ástþórsson, Suðurnesjabær - stjórnarformaður @ Sunneva Ósk Þóroddsdóttir, Suðurnesjabær @ Guðrún Kristín Ragnarsdóttir, Samband sveitarfélaga á Suðurnesjum @
Varafulltrúar Jónína Magnúsdóttir, Suðurnesjabær @ Elvar Þór Þorleifsson, Suðurnesjabær @ Björn G. Sæbjörnsson, Samband sveitarfélaga á Suðurnesjum @