Náttúrustofa Suðvesturlands hefur komið að fjölbreyttum verkefnum í gegnum tíðina. Megináhersla er lögð á fugla- og sjávarrannsóknir (fjöru og grunnsjávarlíf) enda er stofan einstaklega vel staðsett til slíkra rannsókna. Hér að neðan gefur að líta verkefni sem stofan vinnur að í dag og/eða hefur unnið að: